Rektora bira Savet Univerziteta u Novom Sadu na mandatni period od tri godine iz reda redovnih profesora fakulteta u sastavu Univerziteta. Univerzitet ima tri prorektora. Prorektore bira Savet Univerziteta na predlog Rektora na mandatni period od tri godine iz reda profesora fakulteta u sastavu Univerziteta. Funkciju rektora Univerziteta obavlja dr MIROSLAV VESKOVIĆ, redovni profesor Prirodno-matematičkog fakulteta. Funkciju prorektora za nastavu obavlja dr MILAN SIMIĆ, redovni profesor Medicinskog fakulteta. Funkciju prorektora za finansije i organizaciju obavlja dr RADOVAN PEJANOVIĆ, redovni profesor Poljoprivrednog fakulteta. Funkciju prorektora za nauku i međunarodnu saradnju obavlja dr PAVLE SEKERUŠ, vanredni profesor Filozofskog fakulteta. Student prorektor se bira na mandatni period od jedne godine. Funkciju studenta prorektora od oktobra 2010. do oktobra 2011. obavlja Goran Radić, student Fakulteta tehničkih nauka.